Klub powstał w 1906 roku jako Borussia 06 Myslowitz. Nazwę klubu zmieniono w latach PRL na Lechię 06 Mysłowice, ponieważ w tych czasach tuszowano niemiecką historię Górnego Śląska. Od lat 20. XX wieku działały w klubie różne sekcje sportowe (w 1923 roku powstała sekcja bokserska). Złote lata klubu 06 Mysłowice to okres pomiędzy 1946 a 1965 rokiem. W sekcjach: lekkoatletycznej, bokserskiej, hokejowej (występy w II lidze), gimnastycznej i siatkarskiej trenowało wtedy kilkuset sportowców. Sportowcy z klubu zdobywali medale, a także byli reprezentantami Polski. W 1988 roku Lechia awansowała do ligi okręgowej. Był to największy jej sukces w sekcji piłkarskiej. Prawdziwy kryzys przyszedł w latach 90. XX wieku. Pozbawiona finansowego wsparcia ze strony wielkich zakładów przemysłowych Lechia ograniczyła liczbę sekcji. Dzisiaj działa tylko drużyna piłkarska. W 2006 roku Lechia obchodziła 100-lecie istnienia klubu obok takich klubów jak Cracovia, 06 Kleofas Katowice i Wisła Kraków.